南京农业大学高水平运动队团总支由4个支部组成，分别是武术、排球、网球和足球，目前共有团员54人。
在体育部党总支的领导下，在上级团委的关心和指导下，在全体团干、团员及广大师生的支持和努力下，团工作不断开拓新局面。积极推进团的思想建设，组织建设和活动建设，不断加强团员意识教育，着力培养广大团员青年的创新精神和社会实践能力，努力使青年团员在学校精神文明建设中充分发挥主力军作用。
在思想建设方面，各团支部团干建设，团干互相监督，互相帮助，有工作一起分担，有困难一起解决。在各团支部建设中，学习上有问题团员及时讨论，训练中的问题也会及时提出问题并加以改正，生活上我们同甘共苦，互帮互助。近几年，高水平运动队团总支积极提倡各支部团员学习习近平新时代中国特色社会主义思想，提高自己的政治思想觉悟，鼓励各团员主动了解国家大事，做一名有社会责任感的、心系民生的大学生。提倡向党组织靠拢，团总支自成立以来，通过开展多种方式的教育和各项活动，团员们的入党积极性显著提高。
在组织、学风建设上，在各支部建立高效的反馈机制，队员突破自我，取得良好成绩时，要即时给予奖励；当队员对训练和比赛稍有懈怠或产生消极情绪时，即时批评指正，引导他们走出低谷。坚持从严管理，严格治队。四个支部是一个整体，优秀的队伍必定有严格的纪律作为保障，平时的严格管理，是赛场上取得成绩的重要因素。
