第二届亚洲青年运动会组织委员会,简称“南京亚青会组委会”,成立于2011年12月5日。由中国国家体育总局局长、中国奥委会主席刘鹏,中共江苏省委书记、江苏省人大常委会主任罗志军担任顾问,江苏省人民政府省长李学勇担任主席,中国奥委会副主席、亚奥理事会副主席于再清,中共江苏省委常委、南京市委书记杨卫泽担任执行主席。
南京亚青会组委会设有执行局、国际联络部、市场开发部、体育与场馆部、综合保障部、新闻宣传部、文化教育部、信息技术部、运动员村部、安保部、志愿者服务中心等机构。
赛事期间,南京亚青会赛时运行指挥体系由决策层、指挥层、执行层三级架构组成。决策层包括外事、民族宗教、新闻宣传、安保四个工作小组;指挥层由赛时运行总指挥部、主运行中心、22个城市专项保障机构、专项指挥中心构成;执行层由12个竞赛(训练)场馆团队、4个非竞赛场馆团队、13个专项工作团队和11个区保障指挥中心构成。